全ての南極地域観測隊員は、南極地域観測統合推進本部総会（本部長：文部科学大臣）の承認を得た後、文部科学大臣からの委嘱を受けて南極地域へ出発することとなっている。
また、日本を出発し帰国するまでの間は、文部科学省からの出張依頼を受け、外国出張として取り扱われる。
１．極地観測手当等
観測隊員が南緯５５度以南の区域において、南極地域観測に関する業務に従事したときは、極地観測手当（国家公務員及び給与規定等で決められている機関等）あるいは極地観測手当相当分（上記以外の機関等）が支給される。
極地観測手当は、年齢、経歴等によって異なるが、夏期間は、一日につき１，８００円〜４，１００円、越冬期間は、２，３４０円〜５，３３０円の範囲で支給される。
２．外国出張旅費
文部科学省より出張依頼があり、日本を出発し帰国するまでの間は、外国出張として取り扱われる。旅費については、国家公務員等の旅費に関する法律に基づき、航空賃、日当、宿泊料、支度料、食卓料が支給される。
（注）
この旅費は、越冬隊員にあっては、平成１９年２月の越冬終了時までの分が、 夏隊員にあっては全期間の分が、それぞれ平成１７年１１月の出発時に文部科学省から支給される。
なお、越冬隊員に係る越冬終了時から帰国時までの分は、平成１８年１１月 に出発する第４８次隊に託して、現地で支給することとなる。
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