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停船観測では、まずCTDという観測装置を4000ｍの深海まで沈めて観測を行います。CTDとはConductivity（電気伝導度）、Temperature（水温）、Depth（水深）の略で、海中の塩分（電気の流れる量で塩分量を計算）、水温を深さごとに測定します。海の水温や塩分は海流やプランクトンなどの生物の分布を知る上で、最も重要な基本のデータとなります。またCTDには二スキン採水器というものが付属されています。二スキン採水器は水深のある層に達すると、船上のコンピュータ操作により予め上下に開いておいたふたが閉まる仕組みになっていて、決められた水深ごとの海水を採取することができます。この海水を採水し、各水深の酸素濃度や栄養塩（窒素やリン、ケイ酸など植物プランクトンの栄養となる成分）、植物プランクトンなどのサンプルを採取します。
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